לגבי קרנות נאמנות אג"חיות שקליות מול אחזקה ישירה באג"ח יש להתייחס להבט המסוי. המס על רווחי הון באג"ח שקליות עומד על 15% נומינלי לעומת קרן נאמנות שם המסוי הוא 25% ריאלי. למסוי הנומינלי יש יתרון כל עוד רמת האינפלציה נמוכה.
מצד שני, העלויות המשוקללות של קניה/מכירה בקרן נאמנות זולות יותר פר אג"ח מאשר באחזקה ישירה, שכן בקנית אג"ח ישירה יש עלויות קניה/מכירה לכל סוג אג"ח שנקנה/נמכר, בעוד שבקרן נאמנות קונים באותה עסקה מספר סוגי אג"ח המרכיבים את קרן הנאמנות.
בנוסף, קרנות נאמנות גובות דמי נהול בעוד שאחזקה ישירה באג"ח אינה מצריכה תשלום דמי נהול (אלא אם כן משלמים דמי משמרת לבנק או תשלום קבוע לבית ההשקעות בו התנהל החשבון).
ולבסוף, קניה ישירה של אג"ח בזמן המסחר ברציף אפשרית רק מסכומים של 35000 ש"ח ומעלה. אחרת הקניה מתבצעת בסוף או בפתיחת המסחר בשערי הסגירה/פתיחה ללא אפשרות לקביעת פקודת לימיט (כמו בקרנות נאמנות).