תהליך הקמת מלכ"ר וקבלת אישור לפי טופס סעיף 46:
1. רישום במשרד המשפטים ורשם העמותות.
חל"צ יכול להיות מוקם על ידי אדם אחד, ועמותה דורשת מינימום שני אנשים חברים
2. פתיחת תיק במע"מ והכרה כמלכ"ר
3. פתיחת תיק במס הכנסה ועמידה במבחנים כדי לקבל אישור על מלכ"ר
מבחנים: ליווי על ידי רואה חשבון ועורך דין, מבקר עמותה, מינימום 7 חברים במלכ"ר באסיפה הכללית, מאזן כספי תקין למלכ"ר.
4. הגשת דוחות לכל הגופים הנ"ל במשך שנתיים לפחות ותשלום אגרות.
5. לאחר שנתיים אפשר להגיש בקשה לרשום המיסים בבקשה לקבל אישור לפי טופס סעיף 46.
אין הכרח שרשות המיסים שתאשר את הבקשה.
להקים מלכ"ר זה דבר יחסית לא קל, מכיוון שזה דורש מערך תפעולי חזק כדי לעמוד בכל האישורים הפרוצדורלים.